La agricultura es una actividad tradicional en la Península de Yucatán y sigue siendo la  principal fuente de alimentos para cerca de un cuarto de millón de personas en la zona de influencia del PPD-PNUD. Sin embargo, no todas las prácticas agrícolas existentes en estas micro regiones son sustentables desde el punto de vista económico y/o ambiental. El huracán Isidoro mostró la fragilidad de algunos de los esquemas agrícolas y pecuarios: la producción intensiva de animales (granjas) y los monocultivos (papaya maradol, chile, cítricos) fueron severamente dañados, mientras que los sistemas diversificados (parcelas agroforestales alternadas con zonas de conservación forestal) resistieron mucho mejor los vientos y la inundación.

Los sistemas diversificados tienen un impacto ambiental positivo. La multiplicación de sistemas de riego basados en energía solar y eólica permitirá ofrecer alternativas reales al problema de uso de bombas de gasolina en el norte de la Península (se calcula que existen un promedio de 25,000 bombas de gasolina operadas en este momento, y ya ha recibido arriba de 1,000 solicitudes de electrificación de las respectivas parcelas). El uso de equipos solares y eólicos evitará la emisión de gases de invernadero a la atmósfera, a la vez que se reducen significativamente los costos de operación de las unidades agrícolas tradicionales.

La diversidad del germoplasma actualmente utilizado en las zonas rurales de la Península es el resultado de miles de años de prácticas de conservación, intercambio, enriquecimiento y selección intencionada de la población autóctona. Muchas de esas semillas, ya de por sí escasas, han sido afectadas por los eventos climáticos, poniendo en riesgo la diversidad genética en ellas resguardada. Comunidades enteras se quedaron sin variedades criollas de tomate, maíz o frijoles. La orientación estratégica permitirá de una forma eficiente y actualizada, que los campesinos conserven la agrobiodiversidad, prestando un importante servicio ambiental global.

La multiplicación de prácticas sustentables de agricultura y agroforestería, además de procurar alimentos sanos, tendrá un impacto positivo en la conservación de la biomasa forestal de la Península en dos sentidos. Primero, el uso intensivo y sedentario de la tierra, cuidando al mismo tiempo que los niveles de fertilidad se mantengan constantes o se incrementen evitará nuevos desmontes. Segundo la eliminación de la quema agrícola, previene la emisión de gases de invernadero y la eventualidad de incendios forestales. 

Los proyectos agrícolas y agro forestales agroforestales que financiará el Programa deberán:

1. Orientarse a la producción de alimentos, privilegiando el auto consumo y el abastecimiento del mercado local y destinando al mercado extra comunitario sólo los excedentes.
2. Evitar la quema como forma de preparación de los cultivos y utilizar sistemas de riego que aprovechen fuentes alternativas de energía.
3. Incrementar la productividad del suelo para hacer mayor el volumen de alimentos disponibles y lograr la sedentarización de las actividades para proteger el bosque tropical.
4. Rescatar germoplasma de especies agrícolas y forestales locales relevantes para la cultura agrícola regional.
5. Rescatar las prácticas sustentables de agricultura y agroforestería que han existido en las comunidades y que por el momento se han abandonado.